昌都县位于西藏东部，地处横断山脉和三江（金沙江、澜沧江、怒江）流域，素有“藏东明珠”的美称。自清末改土归流置昌都府以来，昌都县便一直是昌都地区的政治、经济、文化和交通中心，享有“藏东门户”的盛誉。以昌都镇为中心，东与四川省相望，东南面与缅甸及云南接壤，西南面与西藏林芝地区毗邻，西北与西藏那曲地区相连，北面与青海省交界，西望西藏自治区首府拉萨，处在商贸往来的枢纽地位。

    昌都县位于横断山脉西北部、青藏高原东南部的边缘地带，地势北高南低，东西呈“W”形。最高海拔6100米，最低海拔2900米，平均海拔3500米。境内地形复杂多样，切割明显，险峰峻岭，沟壑纵横，蔚为奇观。昌都城镇环山而抱，傍水而依，颇具“山城”的秀丽，又具“江城”的风采。

    昌都县水资源异常丰富，“三江”支流密布，常年平均流量达400立方米/秒，总流量达152亿立方米/秒。扎曲河、昂曲河属澜沧江水系，均发源于青海省，由西北向东南流至昌都镇汇合，始称澜沧江。扎曲河流径境内长达145公里，昂曲河、澜沧江和金河则分别流径境内长达85公里、50公里和60公里。“三河一江”多穿越高山峡谷，多急流险滩，落差大，便于综合开发利用。据统计，水能蕴藏量均在5万千瓦以上。

    昌都县属中纬度地区，因受地形的影响，高原寒温带季风性气候混杂。“一山有四季，十里不同天”，山顶终年白雪皑皑，山腰森林茂密，山脚草木丛生，山谷则呈现出亚热带特征，雨热同季，气候宜人。夏季温和多雨，冬季日照充足，年均气温7.5℃，日均气温5℃，无霜期127天，年均降水量477.7毫米。

    昌都县特殊的地质、气候、土壤等自然条件，决定了在县境内蕴藏着丰富的药用资源和种类繁多的野生动物，是一个丰富的自然宝库。 其境内不仅森林资源丰富，而且药材资源也极为丰富，全县辖15个乡（镇），208个行政村，分布有各种名贵的大小中药材。日通藏药厂研制中心现已成功研制出了 "二十五味珍珠丸"、"二十五味松石丸"、"二十五味珊瑚丸"、"智托洁白丸"、"二十五味马宝丸（腹中宝）"、"如意珍宝丸"、"补肾丸"、"智托洁白丸"、"仁青常觉"、"珍珠七十丸"等《日通》牌名贵藏药，其中"二十五味松石丸"和"二十五味马宝丸"曾在自治区名优产品展销会上荣获自治区名优产品称号。其它名贵藏药其适应症广、疗效显著（特别是对消化系统和风湿性关节炎等有独特疗效）、无毒副作用，深受区内外患者青睐。